Podle slovenských podnikatelů systém brání rozvoji regionů Evropsky významné lokality - jsou místa v celé Evropě, která tvoří síť chráněných území, kde žijí ohrožené druhy živočichů nebo rostlin. V Česku mezi takové lokality patří Obora Hvězda v Praze, horní tok Tiché Orlice, nebo Svatý kopeček u Mikulova. Návštěvníci mají vstup neomezený, pro majitele pozemků platí přísnější pravidla pro využití i výstavbu.Ministerstvo životního prostředí ČR navrhuje doplnit národní seznam evropsky významných lokalit Natura 2000. Podle návrhu by jich mohlo přibýt pětapadesát, mezi nimi třeba Labské údolí, Slavíkovy ostrovy u Přelouče nebo meandry řeky Jihlavy.
S dalším rozšiřováním území lokalit Natura 2000 nesouhlasí Česká lesnická společnost. Podle jejího předsedy Pavla Draštíka se v Česku neřeší náhrada za potíže, které vzniknou vlastníkům pozemků – třeba kvůli složitějším pravidlům pro těžbu dřeva.
Nový rozšířený seznam by měl platit od 1. ledna 2016.
Mezi země s největším počtem chráněných lokalit v systému Natura 2000 patří Slovensko. Místní podnikatelé si ale stěžují, že přísná ochrana přírody často brání rozvoji regionů.
Kvůli novým oblastem Natura 2000 už padlo na Slovensku několik projektů na výstavbu nových lanovek, lyžařských středisek, cyklostezek anebo zábavních parků.
Lidé v regionech s vysokou nezaměstnaností si také často stěžují, že nemůžou k podnikání, například k agroturistice, využít vlastní pozemky. Ty byly mnohdy bez vědomí majitelů do systému zahrnuty.
Ministerstvo životního prostředí proto pravidelně přezkoumává vybrané lokality. Tak, aby se například nechránila území, kde už to není nutné a kde by naopak turistický ruch napomohl ekonomicky zaostalému regionu.